Tropical-MCRM

Jumat, 13 Februari 2015

Teknik Genetika Molekular untuk Kajian Ekologi (Kelautan)

Minggu ini saya mengikuti pelatihan teknik genetika molekular selama 3 (tiga) hari di Laboratorium Biodiversitas dan Biosistematika Kelautan, Departemen Ilmu dan Teknologi Kelautan, Institut Pertanian Bogor (Gambar A). Berikut ini beberapa ilmu yang dapat saya bagikan.

Genetika molekular merupakan cabang genetika yang mengkaji bahan genetik dan ekspresi genetik di tingkat subselular (di dalam sel). Subjek kajiannya mencakup struktur, fungsi, dan dinamika dari bahan-bahan genetika serta hasil ekspresinya. Namun sekarang dapat dilihat bahwa biologi molekular telah merambah bidang biologi lain, khususnya fisiologi dan ekologi, dalam arti teknik-teknik biologi molekular dipakai untuk menjelaskan gejala-gejala fisiologi dan ekologi (Wikipedia 2014). Perkembangan kajian genetika molekular sedang berkembang cukup pesat di Indonesia. Genetika molekular banyak dimanfaatkan oleh para peneliti sebagai tools dalam identifikasi spesies, rekonstruksi filogenetik, mengetahui asal muasal keturunan suatu individu, memepelajari konsep evolusi suatu spesies, mengetahui tingkat keanekaragaman suatu spesies, bahkan mampu mengakaji tingkat ancaman kepunahan suatu spesies.

A. Laboratorium Biodiversitas dan Biosistematika Kelautan,
Departemen Ilmu dan Teknologi Kelautan, IPB

Tujuan dari kegiatan yang saya ikuti ini adalah untuk memberikan pengetahuan mengenai teknik identifikasi spesies melalui pendekatan molekular DNA (Deoxyribonucleic acid) Barcoding dan menguatkan kemampuan dasar dalam hal tersebut.

Jumat, 06 Februari 2015

Karakteristik Morfologi (Truss Network System) Untuk Kajian Taksonomi (Ikan)

Karakteristik morfologi telah lama digunakan dalam biologi perikanan untuk mengukur jarak dan hubungan kekerabatan dalam bermacam-macam kategori taksonomi. Hal ini juga banyak membantu dalam menyediakan informasi untuk pendugaan stok ikan. Namun demikian, pembatas utama dari karakter morfologi pada tingkatan intra-species (ras) adalah variasi fenotip yang tidak selalu tepat dibawah kontrol genetik tetapi dipengaruhi oleh perubahan lingkungan. Pembentukan fenotip dari ikan memungkinkan ikan dalam merespon secara adaptif perubahan dari lingkungan melalui modifikasi fisiologi dan kebiasaan yang mana mendorong perubahan karakter morfologi, reproduksi, dan ketahanan untuk menhadapi akibat dari perubahan lingkungan. Selanjutnya, meskipun lingkungan dapat mempengaruhi variasi fenotip, namun karakter morfologi telah dapat memberikan manfaat dalam identifikasi stok khususnya dalam suatu populasi yang besar (Turan 1998).

Karakter morfologi yang biasa digunakan dalam taksonomi ikan adalah karakter morfometrik dan meristik. Morfometrik adalah karakter yang berkaitan dengan ukuran tubuh atau bagian tubuh ikan misalnya panjang total dan panjang baku. Sedangkan, meristik adalah karakter yang berkaitan dengan jumlah bagian tubuh ikan, misalnya jumlah sisik pada garis rusuk, jumlah jari-jari keras dan lemah pada sirip punggung (Affandi et al. 1992).

Morfometrik multivariat telah umum digunakan untuk mengkaji ciri tersendiri (discreteness) dan hubungan timbal balik (interrelationships) suatu spesies dalam suatu stok. Berbagai jenis ukuran tubuh secara tradisional telah digunakan untuk mengkarakterisasi stok ikan. Namun pengukuran ini telah dikritik karena terdapat beberapa bias dan kelemahan yang melekat dalam karakter tradisional. Sebagai alternatif, Turan (1998) menjelaskan sistem pengukuran morfometrik yang biasa disebut Sistem Jaringan Truss (The Truss Network System) yang cukup banyak digunakan untuk identifikasi stok. Sistem Jaringan Truss mencakup seluruh ikan dalam jaringan seragam, dan secara teoritis harus meningkatkan kemungkinan penggalian perbedaan morfometrik dalam dan antar spesies (Turan 1998). Karakter morfologi yang digunakan meliputi 12 landmark yang diilustrasikan dari Ikan Herring dapat dilihat pada Gambar B. Data tambahan yang digunakan oleh Turan (1998) yang ikut diukur adalah diameter mata dan lebar kepala yang juga ditambahkan kedalam data Truss.

A. Titik-titik dari 12 landmark untuk membangun Truss Network System
pada ikan yang digambarkan sebagai lingkaran terbuka
dan pengukuran jarak morfometrik antara lingkaran sebagai garis
(Figure 1 pada Turan 1998). 

Selasa, 27 Januari 2015

Coral Finder: Bagaimana Menggunakan Toolkit Coral Finder 2.0

The Coral Identification Capacity Building Program (CICBP) atau program pengembangan kemampuan identifikasi karang merupakan sebuah program yang dikembangkan melalui kerjasama Fiji Locally Managed Marine Area Network dan David and Lucile Packard Foundation dengan dukungan oleh Reef Check Australia. Program ini bertujuan untuk menghilangkan hambatan dalam pembelajaran taksonomi karang dan peningkatan efektivitas dalam program konservasi dan monitoring terumbu yang ada. Kurangnya orang-orang (peneliti, pemerhati, dll) dengan kemampuan untuk mengidentifikasi karang diduga menjadi hambatan terbesar untuk memahami kesehatan dan status terumbu karang. Mengidentifikasi karang, tetap menjadi sebuah sisi gelap meskipun penelitian dan publikasi telah berlangsung selama beberapa dekade (CICBP Project Bulletin 2010).

Ilustrasi penggunaan Coral Finder di lapangan (Sumber: http://www.byoguides.com/)

Fokus dari tujuan program CICBP diantaranya adalah; Pembuktian mengenai konsep pendekatan baru untuk pelatihan identifikasi karang; Mengembangkan toolkit Coral Finder dan sumberdaya terkait; serta Pengujian dan evaluasi toolkit untuk semua pengguna di seluruh Indo-Pacific (lihat: coralhub.info). Toolkit tersebut sekarang telah tesebar luas melalui situs web - www.coralhub.info - dan melalui situs web tersebut dimungkinkan pembelajaran mandiri untuk setiap kalangan yang termotivasi meskipun diluar dari program CICBP sendiri. Saya sendiri juga sudah membahas penggunaan praktis toolkit Coral Finder pada tulisan saya sebelumnya (lihat: Taksonomi Biota Laut (Terumbu Karang) dengan metode Coral Finder v. 2.0).

Minggu, 25 Januari 2015

Taksonomi Biota Laut (Terumbu Karang) dengan metode Coral Finder v. 2.0

Beberapa minggu yang lalu saya mengikuti pelatihan identifikasi biota karang dengan metode "Coral Finder"  v.2.0 yang diselenggarakan oleh Laboratorium Selam Ilmiah (MSTDS/Marine Science and Technology Diving School) Institut Pertanian Bogor, bekerjasama dengan Rizya Ardiwijaya dari Lembaga Non-Pemerintah The Nature Conservancy (TNC) Indonesia.

Coral Finder bukan lah sebuah buku, melainkan sebuah panduan atau pedoman lapangan untuk mengenali atau dapat dikatakan menginterogasi koloni karang yang bertujuan untuk mengetahui koloni karang tersebut termasuk kedalam genera yang mana. Teman-teman dapat mendapatkan informasi lengkap mengenai coral finder beserta toolkit nya untuk turun lapangan di situs web http://www.coralhub.info/. Sedangkan, author Coral Finder ini adalah Russel Kelley, silahkan kunjungi situs web nya di http://www.russellkelley.info/.

A. The simple glossary from
the Indo Pacific Coral Finder (Sumber: Coralhub.info)

Senin, 10 November 2014

Penggunaan teknik ilustrasi digital untuk deskripsi spesimen dalam publikasi ilmiah

Pada publikasi ilmiah bidang ilmu taksonomi, terkadang untuk beberapa spesimen tertentu dengan menggunakan hasil foto kamera digital tidak dapat menunjukkan hasil detil dan jelas ketika mendeskripsikan bagian-bagian morfologi penting dari individu tersebut (perhatikan Gambar A). Sehingga, beberapa publisher jurnal ilmiah mengharuskan author untuk melampirkan juga ilustrasi dua dimensi (2D) dari spesimen yang dijelaskan. Pertanyaannya adalah; Bagaimana sih membuat gambar 2D dari spesimen yang kita peroleh? Apakah ada cara yang lebih mudah, selain meggambar sketsa menggunakan pensil dan kertas? Jawabannya tentu saja ada teman-teman. Namun ini adalah gaya lama dalam ilmu taksonomi, tetapi masih sangat menarik untuk dipelajari.

A. Perbandingan hasil foto dan gambar (Sumber: C.O. Coleman lecture)

Beberapa minggu yang lalu saya mendapatkan pelatihan langsung dari peneliti dan curator Musem fur Naturkunde (Berlin) melalui kegiatan pelatihan Marine Biodiversity & Molecular Ecology Course yang diselenggarakan oleh Departemen ITK IPB (silahkan kunjungi tautan berikut - Taksonom kelautan langka ITK IPB genjot minat taksonomi kelautan). Saya share beberapa pengalaman dan ilmu yang saya dapatkan.

Peneliti tersebut adalah Dr. Charles Oliver Coleman. Beliau adalah peneliti sekaligus curator dalam kajian taksonomi kelompok biota Amphipoda di sebuah Museum untuk ilmu-ilmu alam yang cukup besar yang terletak di Berlin, Jerman. Kali ini beliau sengaja datang ke Bogor untuk men-sharing ilmunya dalam hal penggunaan perangkat lunak DELTA (Descriptive Language for Taxonomy) yang berbasis Windows XP untuk penyusunan database karakter spesies, dan teknik scientific illustration untuk ilustrasi morfologi spesimen. Nah, pada artikel ini saya akan mencoba menjelaskan tentang pengenalan teknik scientific illustration dahulu, untuk DELTA cukup ribet dan susah-susah gampang lah (tulisan selanjutnya).

Make it easy for you to subscribe to email delivery when I publish a post.